Stromboli ist nur per Fähre erreichbar. In der Hauptsaison von Juli bis September ist es nicht schwierig die Insel zu erreichen. Von der Hafenstadt Milazzo verkehren zwischen 6.00 Uhr und 16.20 Uhr mehrere Tragflächenboote der Gesellschaften Siremar und Ustica. Hinzu kommen Fähren, die mehrmals in der Woche fahren. Von Messina aus gibt es einige Tragflächenboote. Von Neapel wird die Insel nur im Sommer mit einem täglichen Tragflächenboot (SNAV 14.30 Uhr) angefahren. Es fahren 2 Mal die Woche Fähren.
Außerhalb der Saison kann es ganz schön knifflig werden Stromboli zu erreichen. Dann bleiben nur wenige Verbindungen von Neapel und Milazzo aus.
In Neapel startet 2 Mal wöchentlich eine große Fähre (Dienstag und Freitag um 20 Uhr, Ankunft morgens um 6 Uhr. Rückfahrt Montag und Donnerstag um 20.30 Uhr, Ankunft Neapel 8 Uhr).
Von Milazzo aus starten täglich 3 Tragflächenboote. Aufgrund zu hohen Seegangs, (oder geringer Nachfrage) können Verbindungen ausfallen.
Das erste Boot von Milazzo geht um 6.05 Uhr (Siremar), es folgen 7.20 Uhr und 16.20 Uhr (Ustica). Ein Boot von Siremar fährt um 14.30 Uhr von Lipari aus Richtung Stromboli. Nach Lipari kommt man häufiger, z.B. um 12.15 Uhr.
Man muss allerdings erst mal vom Flughafen Catania aus nach Milazzo kommen. Es gibt eine Busverbindung (Giuntabus werktags zwischen 6.00 Uhr und 17.00 Uhr fast stündlich) die ca. 2,5 Stunden unterwegs ist. Die Taxifahrt vom Flughafen aus kostet 200 Euro.
Wenn man nur wenige Tage unterwegs ist, kann es günstiger sein einen Mietwagen (ca. 90 Minuten Fahrtzeit) zu nehmen und diesen in Hafennähe stehen zu lassen. Kostenloses Parken ist aber nur im Winter möglich. 10 Minuten vom Hafen entfernt. Ansonsten bewachte Garage in der Parallelstraße hinter der Hafenstraße.
Damit man es innerhalb von einem Tag zur Insel schafft, sollte der Flieger spätestens mittags in Catania landen. Bei leichter Verspätung kommt der ganze Reiseablauf ins stocken und man muss eine Nacht in Milazzo verbringen. Bei der Rückreise sollte der Flug erst am späten Nachmittag gehen. Zu bedenken ist, dass man bei ungünstiger Wetterlage schnell ein paar Tage auf Stromboli festhängen kann.
Stand 2013