Totale der Eruptionsspalte am Fimmvörduhals-Pass.
Die Entstehung des Vulkans begann vor ca. 800.000 Jahren. 12 Eruptionszyklen des Eyjafjallajökulls sind aus den Zeiten vor der Landnahme Islands bekannt und nur 4 Ausbrüche seitdem es Menschen auf der Insel gibt. Diese fanden in den Jahren 920, 1612 - 1613 und 1821 - 1823 statt. Die bisher letzte Eruption ereignete sich im Frühjahr 2010. Bei den drei vorangegangene Eruptionen folgte der Nachbarvulkan Katla kurze Zeit später.
Der Eyjafjallajökull liegt auf einem NE-SW streichenden Riss-System, das die östliche Vulkanzone von Island bildet. Die Divergenz dieser Störungszone ist darauf zurückzuführen, dass sich hier die Europäische Kontinentalplatte von der Nordamerikanischen Platte entfernt. So entsteht eine Spreizungszone entlang derer Magma aus dem Erdmantel aufsteigen kann. Die östliche Vulkanzone erstreckt sich von den Westmännerinseln, über das Eyjafjallajökull-Katla-System und weiter über die Laki-Spalte, bis unter dem Gletscher Vatnajökull. Dort bildeten sich einige weitere subglaziale Vulkane wie Barabunga und Grimsvötn.
Überwiegend besteht das vulkanische Gestein des Eyjafjallajökulls aus einem Übergangs-Basalt zwischen Tholeiit und Alkali-Basalt. Zudem wurden auch Andesite, Dazite und Trachyte gefördert. Diese Gesteine deuten darauf hin, dass basaltisches Magma über lange Zeiträume in der Magmakammer differenziert.
So unterschiedlich wie die Gesteine ist auch das Eruptionsgeschehen am Vulkan; so sind rein effusive Eruptionen bekannt, als auch explosive Ausbrüche und Vulkanausbrüche, die beide Eruptionstypen kombinierten. Explosive Ausbrüche sind überwiegend vom vulcanischen Eruptionstyp; Vulkanologen entdeckten aber auch Hinweise auf eine große plinianische Eruption in prähistorischen Zeiten. Der Ausbruch von 1612 begann mit einer magmatophreatischen Eruption und endete mit strombolianischer Tätigkeit.
Die letzte Eruption im Frühjahr 2010 lief in 2 Phasen ab. Zuerst öffnete sich eine effusive Spalte auf der Westflanke des Vulkans. Die Spalte entstand auf einem Sattel zwischen Eyjafjallajökull und Myrdalsjökull und unterbrach den Wanderweg am Fimmvörduhals-Pass auf 1000 m Höhe. Der Wanderweg verband den Skogar Wasserfall an der Südküste mit dem Tal von Thormörk im Norden der Gletscher. Während dieser Eruptionsphase wurden rotglühende Lavafontänen und Lavaströme gefördert. Kurz nach dem Ende der ersten Eruptionsphase folgte die 2. Phase: eine explosive Eruption vom vulcanischen Typus, die von der Gipfelcaldera des Eyjafjallajökulls ausging. Schmelzwasser verstärkte die Explosivität der Eruption und eine mächtige Aschewolke stieg bis zu 9 km hoch auf. Sie wurde von starken Luftströmungen Richtung Süden gelenkt. Bereits am zweiten Tag des Vulkanausbruches musste der Luftraum über weiten Teilen Europas gesperrt werden, u.a. auch in Deutschland.
Die Eisbedeckung macht eine Erforschung des Vulkans schwierig. Vor dem Vulkanausbruch im Jahr 2010 wusste man relativ wenig über den Eyjafjallajökull. Erst im Zuge der Eruption erwachte das Interesse und man setzte modernste Messmethoden ein. Von einem Flugzeug aus wurden Radarbilder der eisbedeckten Caldera gemacht. Einige der Daten wie Seismik und LiveCam sind für die Öffentlichkeit via Internet zugänglich.
Von der Gipfelcaldera geht eine Gletscherzunge (Gígjökull) aus, die bis auf eine Höhe von 1200 m herunter reicht. Über ihr läuft Schmelzwasser in den Fluss Markarfljót. Dieser fließt in der Nähe von Thorsmörk in die Sanderebene an Islands Südküste.
Vulkanausbrüche unter dem Eis der Gletscher bergen eine besondere Gefahr: ein Gletscherlauf (Jokulhlaup) kann durch Schmelzwasser entstehen, dass sich durch die Hitze der Eruption bildet und unter dem Gletscher staut. Meistens vergehen Tage, oder Wochen bis das Schmelzwasser am Fuß des Gletschers durchbricht und in einer gewaltigen Flut die Sanderebenen überschwemmt.
Eyjafjallajökull bedeutet ins Deutsche übersetzt soviel wie "Inselgletscher" Dieser Name geht darauf zurück, dass der Vulkan von den 50 km entfernt liegenden Westmännerinseln wie eine Insel unter dem Eis aussieht.
Der Name Eyjafjallajökull bezeichnet eigentlich den Gletscher, wobei "Jökull" im Isländischen "Gletscher" bedeutet. Der Vulkan müsste demnach "Eyjafjalla" (also "Insel") heißen, was wiederum für Verwirrung sorgen könnte. In englischsprachiger Literatur taucht auch der Name "Eyjafjoll", oder "Eyjafjöll" auf. Im Zuge der Berichterstattung von 2010 stellte die Aussprache des Zungenbrechers viele Reporter vor einem Problem; Isländer sprechen den Namen "Eyja,fjatla,jökytl" aus.