Vor Japan stoßen gleich 3 Lithosphären Platten zusammen, was die hohe Anzahl von Subduktionszonen-Vulkanen auf Japan bedingt. Für die Entstehung des Unzens ist die Subduktion der Philippinischen Platte unter die des Eurasischen Kontinents entscheidend. Die Philippinische Platte wird dabei teilweise aufgeschmolzen, wodurch ein wasserreiches dazitisches bis andesitisches Magma entsteht.
Erster Vulkanismus fand im nordwestlichen Teil Kyushus bereits vor 15.000.000 Jahren statt. Es bildete sich eine Vulkanprovinz in der überwiegend basaltische Laven gefördert wurden. Im Südwesten der Insel entstand hingegen ein Vulkangürtel, der saure Magmen fördert. Der Unzen befindet sich in einem Graben zwischen den beiden Vulkanregionen. Der aktuelle Vulkankegel überdeckt 3 ältere Vulkanbauten die sich zusammen über eine Fläche von 20 km erstrecken. Die Namen der älteren Vulkane sind Kingusa, Kusenbu und Fugen-dake. Jeder dieser Vulkane ist mit einer eruptiven Phase assoziiert.
Der Vulkan Unzen (Unzen-dake) fördert dazitische Lava. Diese tritt am Unzen überwiegend effusiv in Form von Lavadomen aus. Peleanische Eruptionen mit der Bildung von großen Pyroklastischen Strömen vom Typ "nuées ardantes" stellen die größte Gefahr am Unzen dar. So sind bei starken Eruptionen, die oft mit einem Domkollaps verbunden sind, oft viele Todesopfer zu beklagen. Die dramatischsten Eruptionen in historischer Zeit spielten sich 1657 und 1792 statt. Letztere Eruption forderte 14.524 Todesopfer, als ein Lavadom (Mayuyama) kollabierte und Schuttlawinen einen Teil der nahgelegenen Stadt Shimbara zerstörten. Die Schuttlawine floss ins Meer und verursachte einen Tsunami, der weitere Opfer forderte.
Der bekannteste Vulkanausbruch am Unzen begann 1989. Nach einer langen Ruheperiode erwachte der Vulkan mit einer seismischen Krise die 12 Monate dauerte zu neuem Leben. 1990 begann eine Serie phreatischer Eruptionen und im May 1991 schob sich ein Lavadom aus dem Krater. Bereits nach einigen Tagen wurden Pyroklastische Ströme generiert. Am 3. Juni 1991 nahm das Schicksal seinen Lauf: ein großer Pyroklastischer Strom floss 4 km die Hänge hinab und zerstörte alles auf seinem Weg. Tragischer Weise befanden sich gerade ca. 50 Journalisten und Vulkanologen auf dem Weg zum Lavadom. Unter Ihnen waren Harry Glicken (der durch einen Zufall der Katastrophe am Mount St. Helens entgangen ist) und das Ehepaar Krafft, deren fantastischen Vulkanaufnahmen vielen Menschen bekannt sind.
Die letzte Aktivitätsphase mit Domwachstum und Entstehung von Pyroklastischen Strömen fand im May 1996 statt.
Der Unzen im Jahr 1992. ©NASA